La structure organisationnelle de l'ALECSO est composée des éléments suivants :
- La branche législative : Il est représenté par l'Assemblée générale qui se réunit une fois tous les deux ans et le Conseil exécutif qui organise trois réunions ordinaires au moins durant chaque session budgétaire.
- Le cadre exécutif : Il réunit le Directeur général élu par l'Assemblée générale pour un mandat de 4 ans renouvelable une fois et le Directeur général adjoint.
- Le cadre technique et administratif :
- le Bureau du Directeur général, le Secrétariat du Conseil exécutif et de l'Assemblée générale
- la Direction de l'éducation
- la Direction de la culture
- la Direction des sciences et de la recherche scientifique
- la Direction des informations et de la communication
- a Direction des affaires administratives et financières.
4. Les organes extérieurs :
- Institut des recherches et des études arabes (Le Caire)
- Institut du manuscrit arabe (Le Caire)
- Bureau de coordination de l'arabisation (Rabat
- Institut international de Khartoum pour la langue arabe (Khartoum)
- Centre arabe pour l'arabisation, la traduction, l'écriture et l'édition (Damas).
Les Etats membres sont en rapport avec la Direction générale de l'Organisation à travers leurs Commission nationales de l'éducation, de la culture et des sciences.
